使用 MegAlign Pro 轻松执行多重和成对序列比对。
有时，直接检查来自多重序列比对的一对序列可能会让您更好地了解这对序列的相关性。此外，有时成对序列比对比多重比对更合适，例如，将未表征基因的序列与相关参考菌株的基因组比对。MegAlign Pro让您能够灵活地使用行业标准的 Smith-Waterman 和 Needleman-Wunsch 算法执行局部、全局和半全局成对序列比对，所有这些都在您用于多重序列比对和比对后分析的同一应用程序中进行。这使得进一步探索来自多重比对的序列对的相关性、将转录本与基因比对或在基因组中查找基因变得容易
只需 4 个简单步骤即可完成成对序列比对
第1步
添加或选择两个序列
第2步
选择Align Pairwise
第3步
调整参数，或接受默认值
第4步
分析结果！
了解有关成对序列比对的更多信息
资源
请参阅下面的资源以获取有关成对序列比对的更多信息。
教程
观看我们的视频或查看我们的书面教程以了解有关使用 MegAlign Pro 进行成对序列比对的更多信息。
在 MegAlign Pro 中使用轨道
MegAlign Pro 中的轨道允许您查看序列详细信息。在本视频中，了解如何指定要显示的轨道、调整轨道参数以及从概览和序列视图控制轨道。
在 MegAlign Pro 中合并和重新排列序列
在本视频中，了解如何执行配置文件对齐以将两个对齐合并在一起。此外，了解如何合并和重新对齐 MegAlign Pro 项目中的其他序列
在 MegAlign Pro 和 GenVision Pro 中为地点添加书签
该视频介绍了如何使用 MegAlign Pro 和 GenVision Pro 中的“位置”面板来标记感兴趣的位置。
在 MegAlign Pro 中添加用于比对的序列文件
了解如何将不同的核苷酸和蛋白质序列加载到 MegAlign Pro 中，以进行多重和成对序列比对和系统发育树。本视频将引导您在执行比对之前了解添加和组织序列数据的不同方法
MegAlign Pro 支持的文件类型
了解 MegAlign Pro 支持的不同文件类型，包括 FASTA 文件和 GenBank 文件。
常见问题解答
何时应使用成对序列比对？
当您只想比较两个序列时，请使用成对比对。此外，在某些情况下，多序列比对 (MSA) 可能有助于识别值得进行更详细的成对比较的序列或子序列对。
多重比对和成对比对哪个更好？
两者的目的不同。如果你想通过创建和查看系统发育树来查看一组序列的进化相关性，多序列比对是最佳选择。成对比对是详细比较两个序列的理想选择。
提供了哪些不同的成对对齐方法以及我如何知道该使用哪一种？
MegAlign Pro具有三种 pairwAise 序列比对工具：
- 局部成对比对专门用于查找两个序列中得分最高的比对片段，即使这两个序列的全部范围未包含在最终比对中。
- 全局成对比对不会尝试找到得分最高的片段，而是要求将两个序列的全部范围都包含在其结果中。不要求或保证局部比对中得分最高的比对片段对将在全局比对中进行比对。
- 半全局成对比对是一种相对较新的方法，尤其适用于两个序列长度相差很大的情况。当发生这种情况时，较长的序列将在比对的两端有突出部分。由于突出部分以间隙表示，全局比对器将尝试通过将较短序列的部分与突出序列区域比对来提高匹配分数并最小化累积间隙惩罚。这种效果会产生许多不切实际的、通常很小的比对片段，这些片段在比对的末端附近被间隙隔开。半全局比对旨在通过不对突出部分中的间隙（又称“末端间隙”）进行惩罚来解决此问题。
显示较少
如何导出我的成对序列比对的图像？
文件 > 导出图像 > （视图名称）。将要发布的对齐图像导出为 Adobe PDF（.pdf）、Microsoft PowerPoint 优化（.pptx）、PNG 图像（.png）或 JPG 图像（.jpg、.jpeg）文件。
我可以在多序列比对中执行成对比对吗？
是的，有时进行成对比对有助于解决多重比对中令人困惑的间隙位置问题。为此，选择两个感兴趣的序列，右键单击任一名称并选择成对比对。
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